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Die Koordinatendatei

Zu Beginn einer Rechnung steht immer eine Koordinatendatei.

Diese sieht beispielsweise wie folgt aus:

$coord
 0.000189  1.446963  0.000000 C
-0.000189 -1.446963  0.000000 C
-0.255869  2.206066 -1.918072 H
-1.532946  2.205877  1.180512 H
 1.789004  2.205877  0.737182 H
 1.533324 -2.205877 -1.180134 H
 0.255302 -2.206066  1.918072 H
-1.788815 -2.205877 -0.737749 H
$end

Dabei werden die Koordinaten der einzelnen Atome nach einem einleitenden $coord in atomaren Einheiten (1 a0 = 0.52918 Å) angegeben. Hier gilt das Schema:

X-Koordinate Y-Koordinate Z-Koordinate Elementsymbol

Die Eingabe der Koordinaten wird mit einem $end beendet. Es ist möglich, zusätzlich redundante Koordinaten wie Atomabstände, Winkel und Diederwinkel zu definieren. Nähere Informationen entnehmen Sie bitte dem Handbuch zum Programm.

Die Koordinatendatei kann dabei von Hand eingegeben oder in einer define-Sitzung erzeugt werden. Eine weitere Möglichkeit ist der Import der Koordinaten aus xyz-Dateien aus grafischen Editoren wie zum Beispiel GaussView.

Dazu wird in diesem Editor eine Datei im xyz-Format erstellt und mit dem Skriptbefehl x2t in ein für Turbomole lesbares Format umgewandelt.

x2t xyzinputfile > coord

Damit dieses Skript sowie alle anderen Funktionen von Turbomole verfügbar sind, laden Sie vorher das dazugehörige Modul.

module load turbomole

 

 

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