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Bei­spie­le für Gaus­si­an-In­put­da­tei­en

An­ge­ge­ben sind je­weils der Kopf­be­reich der Gaus­si­an-In­put­da­tei mit dem da­zu­ge­hö­ri­gen Slurm-Skript.

Ein­fa­che Sin­gle-Point-Be­rech­nung

Gaus­si­an-In­put­da­tei

#

Slurm-Script

#!/bin/bash -l
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --mem=330
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --account=Uni­Koeln

mo­du­le load gaus­si­an09
/usr/bin/time -p g09 < input.com >& output.log

Es wird eine HF-Sin­gle­point-Rech­nung mit dem Ba­sis­satz STO-3G auf einen Kno­ten mit einen Pro­zes­sor und einen Ar­beitspei­cher von 256 MB durch­ge­führt.
Zu­sätz­lich wird keine Check­point­da­tei an­ge­legt.
Die Rech­nung wird an keine be­stimm­te War­te­schlan­ge und/oder Kno­ten­grup­pe über­ge­ben.

Dies ist der ein­fachst mög­li­che Input.

Geo­me­trie­opti­mie­rung auf meh­re­ren Pro­zes­so­ren

Gaus­si­an-In­put­da­tei

%mem=800MB
%nprocs­ha­red=8
%chk=mo­le­kül­na­me_b3­ly­p_631gd_­op­t_fre­q_g09.chk
#p opt freq b3lyp/6-31g(d) 

Slurm-Skript

#!/bin/bash -l
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=8
#SBATCH --mem=1000
#SBATCH --time=05:00:00
#SBATCH --account=Uni­Koeln

sour­ce ~/.bashrc
mo­du­le load gaus­si­an09/g09.E01

/usr/bin/time -p g09 < input.com >& output.log

Die­ser Input führt eine Geo­me­trie­opti­mie­rung und Fre­quenz­ana­ly­se auf 8 Pro­zes­so­ren eines Kno­tens aus.
Dabei wer­den für die Rech­nung 800 MB Ar­beitspei­cher re­ser­viert und eine Re­al­zeit von 5 Stun­den.
Des Wei­te­ren wird die Rech­nung ex­pli­zit der War­te­schlan­ge mpi und der Kno­ten­grup­pe inca8 über­ge­ben.

Geo­me­trie­opti­mie­rung auf meh­re­ren Kno­ten

Gaus­si­an-In­put­da­tei

%mem=20GB
%nprocs­ha­red=8
%npro­clin­da=4
%chk=mo­le­kül­na­me_­geo_­opt.chk
#p opt ccsd/cc-pvdz

Slurm-Skript

#!/bin/bash -l
#SBATCH --partition=inca8
#SBATCH --nodes=4
#SBATCH --ntasks-per-node=8
#SBATCH --mem=21GB
#SBATCH --time=10:00:00
#SBATCH --account=Uni­Koel
n

sour­ce ~/.bashrc
mo­du­le load gaus­si­an09/g09.E01

/usr/bin/time -p g09 < input.com >& output.log

Diese Rech­nung wird auf 4 Kno­ten der Grup­pe inca8 auf je­weils 8 Pro­zes­so­ren mit ins­ge­samt 20 GB Ar­beits­spei­cher für 10 Stun­den durch­ge­führt.

Kontakt
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