zum Inhalt springen

Die Gaus­si­an 09-In­put­da­tei

Sie erhalten mit der Rechnung für Gaus­si­an eine Inputdatei. Diese ent­hält Geo­me­trie­an­ga­ben, sowie wei­te­re In­for­ma­tio­nen wie beispielsweise das Theo­rie­mo­dell und die Hard­ware-Res­sour­cen für den je­wei­li­gen Auf­trag. Eine In­put­da­tei für Gaus­si­an 09 be­sitzt die Da­tei­en­dung .com und ist nach fol­gen­den Sche­ma auf­ge­baut

Link 0 Sec­tion

Route Sec­tion

--Leer­zei­le--

Title sec­tion beziehungsweise Kom­men­tar

--Leer­zei­le--

Mo­le­kül­spe­zi­fi­ka­tio­nen:

La­dung und Spinmul­ti­pli­zi­tät

In­put­geo­me­trie (kar­te­si­sche Ko­or­di­na­ten, Z-Ma­trix)

--Leer­zei­le--

 

 wei­te­re job-spe­zi­fi­sche An­ga­ben

--1 Leer­zei­le--

Sie können die Inputdatei ent­we­der ma­nu­ell mit­ einem Text­edi­tor oder mit­ der gra­phi­schen Ober­flä­che Gauss­View er­stellen. Beim Er­stel­len mit­tels eines Text­edi­tors können Sie die Daten im frei­en For­mat und un­ab­hän­gig von Groß- und Klein­schrei­bung eingeben. In­ner­halb einer Zeile sind Leer­zei­chen, Ta­bu­la­to­ren, Kom­ma­ta und Slas­hes (/) als Trenn­zei­chen zu­läs­sig. Meh­re­re Leer­zei­chen wer­den als ein­zel­ne in­ter­pre­tiert.

Bei­spiel einer In­put­da­tei

Zur bes­se­ren Ver­an­schau­li­chung bieten wir Ihnen eine In­put­da­tei einer Geo­me­trie­opti­mie­rung mit an­schließ­en­der Fre­quenz­ana­ly­se eines Etha­nol­mo­le­küls als Beispiel:

%mem=250MB
%nprocs­ha­red=8
%chk=etha­nol_b3­ly­p_631gd_­op­t_fre­q_g09.chk
#p opt freq b3lyp/6-31g(d) geom=con­nec­tivi­ty

g09 etha­nol b3lyp 6-31g(d)

0 1
 C                 -0.19178082   -0.01369863    0.00000000
 H                  0.16487361   -1.02250863    0.00000000
 H                  0.16489202    0.49069956   -0.87365150
 C                  0.32156140    0.71225764    1.25740497
 H                  1.39156138    0.71207507    1.25750243
 H                 -0.03493366    1.72112397    1.25730739
 H                 -0.03527086    0.20797184    2.13105625
 O                 -1.62178082   -0.01368101    0.00000000
 H                 -1.94226002   -0.46614056   -0.78369219

 1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 8 1.0
 2
 3
 4 5 1.0 6 1.0 7 1.0
 5
 6
 7
 8 9 1.0
 9

Bei­spie­le ty­pi­scher Gaus­si­an 09-In­put­da­tei­en.

Die Link 0 Sec­tion

In der Link 0 Sec­tion sind Be­feh­le für die Ver­wal­tung von Hard­ware-Res­sour­cen und der Check­point­da­tei (.chk) an­ge­ge­ben. Sie werden mit dem Pre­fix % ein­ge­lei­tet.  Die wich­tigs­ten Be­feh­le sind:

Be­fehl

Be­deu­tung

%mem=250MB

Legt den Ar­beits­spei­cher für Rech­nung fest. Mög­li­che Ein­hei­ten sind: KB, MB, GB, KW, MW or GW.

Der De­fault­wert liegt bei 256 MB. (1 MW = 8 MB)

%nprocs­ha­red=8

An­zahl der Pro­zes­so­ren, auf die die Rech­nung ver­teilt wer­den soll.

Dies gilt nur für das Rech­nen auf einem Re­chen­kno­ten (Beschreibung für das Rech­nen auf meh­re­ren Kno­ten).

Der De­fault­wert ist 1.

%chk=name.chk

Name der Check­point­da­tei. Diese spei­chert wich­ti­ge In­for­ma­tio­nen über die Rech­nung.

Wich­tig: Alle hier ein­ge­tra­ge­nen Werte müs­sen mit denen im Slurm-Skript ver­gli­chen wer­den.

Die Route Sec­tion

Die Route Sec­tion spe­zi­fi­ziert die Art der Rech­nung und des Out­puts. Sie werden mit dem Pre­fix # ein­ge­lei­tet. Einige wichtige Beispiele hier.

Be­fehl

Be­deu­tung

#n

Be­stimmt die Art des Out­puts.

Mög­li­che Werte sind: n (nor­mal), p (zu­sätz­li­che In­for­ma­ti­on), t (re­du­zier­ter Out­put).

sp

Führt eine Sin­gle Point-Rech­nung durch (de­fault).

opt

Führt eine Geo­me­trie­opti­mie­rung durch.

freq

Führt eine Fre­quenz­ana­ly­se durch.

me­tho­de/basis

Wahl von Me­tho­de und Basis.

Bei­spie­le sind b3lyp/cc-pvtz oder ccsd/6-31g.

Eine Liste der Me­tho­den und eine Liste der Ba­sis­sät­ze

De­fault: hf/sto-3g

geom=con­nec­tivi­ty

Be­stimmt die Quel­le der Start­geo­me­trie.

Mit geom=check­point wird die Geo­me­trie aus der Check­point­da­tei ge­le­sen, was bei hin­ter­ein­an­der lau­fen­den Rech­nun­gen not­wen­dig ist (zum Beispiel einer Geo­me­trie­opti­mie­rung mit an­schlies­sen­der Fre­quenz­ana­ly­se).

geom=con­nec­tivi­ty liest die von Ihnen definierte Bin­dun­gen in der Schreib­wei­se Elementname Atom1 Bin­dungs­ord­nun­g1 [Atom2 Bin­dungs­ord­nun­g2 ...] ein. Diese Bin­dun­gen wer­den hin­ter der Mo­le­kül­spe­zi­fi­ka­ti­on an­ge­ge­ben.

Mo­le­kül­spe­zi­fi­ka­tio­nen

Die Mo­le­kül­spe­zi­fi­ka­tio­nen be­gin­nen mit der An­ga­be der La­dung und der Spin­mul­ti­pli­zi­tät in der Form La­dung Spin­mul­ti­pli­zi­tät .Der Input für ein neu­tra­les Sin­gu­lett Mo­le­kül lau­tet: 0 1. Ana­log wäre die An­ga­be für ein Du­blett Mo­no­a­ni­on: -1 2 .

In der di­rekt dar­auf fol­gen­den Zeile be­ginnt die An­ga­be der Atom­ko­or­di­na­ten, ent­we­der in kar­te­si­schen Ko­or­di­na­ten oder als Z-Ma­trix.

Kontakt
Bei Fragen und für eine individuelle Beratung wenden Sie sich bitte an:
RRZK-Helpdesk