Das SLURM-Shell-Skript

Auf dem Hoch­leis­tungs­rech­ner CHEOPS des RRZK wird die Ver­tei­lung der Auf­trä­ge über die Simple Linux Utility for Resource Management (SLURM) ver­wal­tet.

Das SLURM wird über ein Shell-Skript (gegebenfalls mit dem Suf­fix .sh) ad­dres­siert, wel­ches in zwei Be­rei­che un­ter­teilt ist: den Hea­der mit dem Pre­fix # und den Body ohne Pre­fix.

Ein Bei­spiel für ein Shell-Skript für eine Gaus­si­an 09-Rech­nung:

#!/bin/bash -l
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --ntasks-per-node=2
#SBATCH --mem=2gb
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --account=Uni­Koeln


source ~/bashrc
module load gaus­si­an09/g09.E01

/usr/bin/time -p g09 < input.com >& output.log

 

Im Hea­der ste­hen die für das SLURM wich­ti­ge In­for­ma­tio­nen.

Ein­trag	Be­deu­tung
#SBATCH --nodes=2	Be­stimmt die An­zahl der Kno­ten (nodes).
#SBATCH --ntasks-per-node=2	Be­stimmt die An­zahl der Pro­zes­so­ren (tasks) pro Kno­ten (ppn).
#SBATCH --mem=2gb	Gibt den Ar­beits­spei­cher an. Die­ser soll­te immer 10% und min­des­tens 50 MB höher sein als der in der Gaus­si­an 09-In­put­da­tei an­ge­ge­be­ne Spei­cher. Die Standardeinheit ist MB.
#SBATCH --time=02:00:00	Gibt die Zeit in Stun­de:Mi­nu­te:Se­kun­de an, die das PBS der Re­chnung zur Ver­fü­gung stellt.
#SBATCH --account=Uni­Koeln	Legt den Be­nut­zenden fest. Soll­te für Sie kein Pro­jekt­na­me fest­ge­legt sein ist die­ser Uni­Koeln.

Wei­te­re Be­feh­le für das SLURM-Skript fin­den Sie im Hand­buch.

 

Im Body ste­hen für die Be­feh­le, die für das Aus­füh­ren von Gaus­si­an 09 nötig sind.

Ein­trag	Be­deu­tung
mo­du­le load gaus­si­an09	Lädt alle für be­nö­tig­ten Gaus­si­an 09 Pfa­dab­hän­gig­kei­ten.
/usr/bin/time -p g09 < input.com >& out­put.log	Führt eine Gaus­si­an-Rech­nung mit der Datei input.com durch und gibt die Er­geb­nis­da­tei out­put.log aus. /usr/bin/time ist dabei nicht notwendig, bietet aber Informationen über die Laufzeit.

 

 Wei­te­re Be­feh­le für Gaus­si­an 09 fin­den Sie im Hand­buch zum Pro­gramm.