GaussView wird verwendet, um die Molekülgeometrie graphisch anzulegen sowie um das Theoriemodell zu definieren.  Über die Elemente/Ringe-Strukturauswahl lassen sich vorgefertigte Molekülfragmente nacheinander in das Molekülfenster an einer bestimmten Position einfügen.
Die Bindungswinkel und die Bindungslängen lassen sich über die entsprechenden Editoren verändern oder ablesen. Die Strukturbereinigung führt zu einer groben Lösung von geometrischen Unstimmigkeiten in der Molekülstruktur.

Sie können mit Hilfe des Gaussian Calculation Setup unter anderem das Theoriemodell und die Ressourcenanforderungen spezifizieren.
Einzige Pflichtangabe ist der Titel, alle anderen Angabe besitzen einen Standardwert.
Die angegebenen Werte können in der Gaussian-Inputdatei abgelegt werden.

Bitte beachten Sie: Unter den Default-Einstellungen ist eine erfolgreiche Rechnung aus GaussView heraus nicht möglich. Es ist nur möglich über "Retain" die Einstellungen beizubehalten und dann die die Input-Datei (.com) abzuspeichern.

Um Rechnungen von GaussView aus dem Queuing-System zu übergeben, müssen Sie unter "File->Preferences" unter dem Reiter "Job Setup" die Option "Execute using custom command line" anwählen und die Zeile g09queue @INFILE in den Kasten eintragen.
 

Durch diese Einstellung wird die Rechnung über "Submit" direkt an das Queuing-System weitergegeben.
Ein Submitskript wird damit automatisch erstellt.

Die Angabe der Walltime wird dabei (falls benötigt) im Titel angegeben und zwar in der Art: